Pandémie

Traquer les épidémies, du choléra aux coronavirus

Sonia Shah, Michel Durand

• Publisher: Écosociété
• Year: 2020
• ISBN:
  9782897196479
• Topic: Sciences sociales
• Subtopic: Études du développement mondial

C'était un consensus scientifique avant même l'apparition de la COVID-19: 90% des épidémiologistes avaient prédit qu'un virus ou une bactérie causerait une pandémie planétaire. Avec l'éclosion de plus de 300maladies infectieuses ces dernières décennies, la prévision paraît logique. Mais d'où viennent les coronavirus, les maladies comme Ebola, le paludisme ou le choléra, une des plus mortelles de l'histoire? Et si la santé mondiale dépendait de l'équilibre écologique mis à mal par des siècles de développement industriel?

Des bidonvilles de New York au XIX e siècle aux marchés d'animaux sauvages en Chine, en passant par Port-au-Prince et les forêts centrafricaines, la journaliste Sonia Shah est partie sur les traces des épidémies dans cet essai digne d'un polar scientifique. Véritable voyage dans le corps, le temps et l'espace, Pandémie démontre avec brio le lien entre épidémie et écologie, mais aussi entre maladies infectieuses et conditions de vie des populations. De quoi regarder d'un autre œil la défense de la biodiversité et de la justice sociale.

Les pages qui suivent racontent l'histoire des pandémies à travers le prisme de l'action humaine. C'est une histoire où l'avenir des pandémies, tout comme leur passé, est mêlé au nôtre. Nous le tenons entre nos mains.

— Sonia Shah

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Le saut

Ou comment les agents pathogènes passent d’une espèce à l’autre

À la recherche du lieu de naissance de nouveaux agents pathogènes, je suis partie par une journée pluvieuse et fraîche de ce début de 2011 pour trouver un marché humide à Guangzhou (anciennement Canton), la capitale de la province du Guangdong, dans le sud de la Chine.

Les marchés humides sont des marchés urbains en plein air où les vendeurs vendent aux consommateurs, entre autres, des animaux vivants capturés dans la nature pour l’abattage et la consommation. Ils satisfont le goût des Chinois pour ce qu’on appelle yewei, ou cuisine «sauvage», dans laquelle les animaux exotiques allant des serpents aux tortues et aux chauves-souris sont préparés dans des plats spéciaux²².

C’est dans un marché humide de Guangzhou qu’est né le virus qui a failli causer une pandémie en 2003. Ce virus particulier vivait normalement à l’intérieur des rhinolophes^b. C’était une sorte de coronavirus, une famille de virus qui causent surtout des maladies respiratoires bénignes (chez les humains, ils sont responsables d’environ 15 % de tous les cas du rhume). Mais le virus qui a éclos au marché humide de Guangzhou était différent²³.

Des rhinolophes, il s’était propagé à d’autres animaux sauvages dans des cages à proximité, dont des chiens viverrins, des blaireaux-furets, des serpents et des civettes palmistes. À mesure que le virus se propageait, il mutait. Et, en novembre 2003, une forme mutante du virus de la rhinolophe a commencé à infecter les gens.

Comme d’autres coronavirus, le virus a colonisé les cellules qui tapissent les voies respiratoires. Mais contrairement à ses frères plus bénins, le nouveau virus trafiquait le système immunitaire humain, perturbant la capacité des cellules infectées à avertir les cellules voisines de l’intrusion virale. En conséquence, dans environ un quart des personnes infectées, ce qui a commencé comme ce qui ressemblait à une grippe a rapidement dégénéré en pneumonie potentiellement mortelle: les poumons infectés se remplissaient de liquide et privaient le corps d’oxygène. Au cours des mois suivants, le virus (qui sera connu sous le nom de SRAS – syndrome respiratoire aigu sévère) a rendu malades plus de 8 000 personnes. Parmi elles, 774 personnes ont péri²⁴.

Le virus du SRAS a ensuite disparu. Comme une éblouissante étoile filante, il a utilisé tout son carburant disponible, tuant les gens trop vite pour se propager davantage. Après que des experts scientifiques eurent montré que les marchés humides étaient les écloseries où était né l’étrange nouvel agent pathogène, les autorités chinoises ont sévi contre ceux-ci. Beaucoup ont fermé. Mais alors, quelques années se sont écoulées et les marchés humides sont revenus, quoique sous une forme réduite et plus furtive.

On nous avait dit qu’il y avait un marché humide quelque part autour de Zengcha Road, une route à quatre voies embouteillée qui passe sous une autoroute polluée à Guangzhou. Après avoir tourné en rond un certain temps, nous nous sommes arrêtés pour demander le chemin à un garde en uniforme. Il eut un triste sourire. Le marché humide a été fermé il y a six ans, dit-il, après l’épidémie du SRAS. Mais il a alors, au même moment, attrapé et tiré la manche d’un travailleur passant par-là, nous incitant à poser notre question à nouveau, mais cette fois au travailleur. Nous l’avons fait et cet individu a tenu un autre discours: contournez cet immeuble, dit-il, tandis que le garde écoutait avec approbation. Nous «pourrions» trouver «certaines personnes» vendant «certaines choses».

En tournant le coin, c’est l’odeur qui a d’abord frappé: piquante, musquée et humide. Le marché humide se composait d’une série de stalles ressemblant à des garages et bordant un passage en ciment. Certaines avaient été transformées en bureaux-chambres-cuisines, où les vendeurs d’animaux, serrés les uns contre les autres pour se défendre du froid, tuaient le temps en attendant les clients. Dans une stalle, trois hommes d’âge moyen et une femme jouaient aux cartes sur une table pliante; dans une autre, une adolescente à l’air blasé regardait un téléviseur boulonné au mur. Dès que nous sommes entrés, un homme a jeté les restes de son bol à soupe dans le caniveau peu profond entre les stalles et le passage, une famille de huit personnes se blottissait derrière lui autour d’un chaudron fumant. Quelques minutes plus tard, il est réapparu et a vigoureusement vidé son nez dans son bol vide.

Les marchandises que nous étions venus voir étaient totalement ignorées; à savoir les animaux sauvages en cage qui avaient été capturés et acquis d’autres commerçants dans une longue chaîne d’approvisionnement s’étendant profondément dans l’intérieur de la Chine et aussi loin que le Myanmar et la Thaïlande. Une tortue de 15 kilos dans un bac en plastique blanc trempait tristement dans une flaque d’eau grise à côté de cages de canards sauvages, de furets, de serpents et de chats sauvages. Rangée après rangée d’animaux qui s’étaient rarement, voire jamais, rencontrés dans la nature étaient ici, respirant, urinant, déféquant et mangeant les uns à côté des autres.

La scène illustrait remarquablement diverses façons qui expliqueraient pourquoi le SRAS avait commencé là. L’une d’elles était l’agrégation inhabituelle et écologiquement sans précédent d’animaux sauvages. Dans un cadre naturel, les rhinolophes, qui vivent dans des grottes, ne côtoient jamais les civettes palmistes, une sorte de chat qui vit dans les arbres. Ni l’un ni l’autre, non plus, ne s’approcherait normalement des gens. Mais les trois espèces étaient réunies au marché humide. Le fait que le virus s’était propagé de chauves-souris aux chats civettes avait joué un rôle particulièrement critique dans l’émergence du SRAS. Les chats civettes étaient, pour une raison quelconque, particulièrement vulnérables au virus. Cela lui a donné l’occasion d’augmenter ses effectifs, comme le son d’un sifflet dans un tunnel. Avec une réplication accrue sont venues de nouvelles occasions de muter et d’évoluer. À un point tel qu’un microbe qui vivait dans les rhinolophes s’est transformé en agent pathogène pouvant infecter les humains. Sans cette amplification, il est difficile de dire si le virus du SRAS aurait jamais émergé.

Nous nous sommes approchés d’un vendeur dans une stalle éclairée par une seule ampoule nue. Derrière lui, sur une étagère affaissée, se trouvait un bocal en verre taché d’une capacité de trois ou quatre litres rempli de serpents flottant dans une sorte de saumure. Pendant que ma traductrice Su bavardait avec le vendeur, deux femmes sont apparues et ont jeté à mes pieds des sacs en tissu blanc. À l’intérieur du premier, un enchevêtrement de minces serpents bruns qui glissaient les uns sur les autres. Dans l’autre, un unique serpent, beaucoup plus grand, sifflait frénétiquement. De toute évidence, il était perturbé. À travers le tissu transparent, je pouvais voir que la tête du serpent arborait un large capuchon, ce qui signifiait que c’était un cobra.

Pendant que j’absorbais ces informations, l’homme et les deux femmes, qui avaient ignoré ma présence, se sont tournés vers moi avec une certaine urgence dans leur expression. Su a traduit leur question: «Exactement combien de personnes avez-vous l’intention de nourrir avec ce serpent?»

J’ai balbutié «dix» et me détournai, nerveuse. Quelques minutes plus tard, une femme est venue nous poser une autre question. Elle m’a désignée, cachant poliment un sourire narquois derrière sa main, et a demandé à Su s’il était vrai que les étrangers comme moi mangeaient des dindes. Pour elle, c’était moi qui avais d’étranges habitudes alimentaires.

* * *

Le choléra a également commencé dans des corps d’animaux. Les créatures qui abritent la bactérie causant la maladie vivent dans la mer. Il s’agit d’une sorte de minuscule crustacé appelé copépode. Les copépodes mesurent environ un millimètre de long, ont des corps en forme de goutte et un seul œil rouge vif. Comme ils ne savent pas nager, ils sont considérés comme une sorte de zooplancton, dérivant dans l’eau et retardant l’attraction gravitationnelle vers les profondeurs à l’aide de longues antennes tournées vers l’extérieur comme des ailes de planeur²⁵. Bien que l’on n’en parle pas beaucoup, ils sont en fait les créatures multicellulaires les plus abondantes sur Terre. Un seul concombre de mer peut être recouvert de plus de 2 000 copépodes, une étoile de mer de la taille d’une main en aura des centaines. Dans certains endroits, les copépodes sont si denses que l’eau devient opaque. En une seule saison chacun d’eux peut produire près de 4,5 milliards de descendants²⁶.

Les Vibrio cholerae sont leurs partenaires microbiens. Vibrio cholerae est une espèce de bactérie microscopique du genre Vibrio, un vibrion en français, en forme de virgule. Bien que Vibrio cholerae puisse vivre seule, flottant librement dans l’eau, elle s’accumule le plus abondamment sur et dans les copépodes, où elle s’attache à leurs sacs d’œufs ou tapisse l’intérieur de leurs tripes. Les vibrions accomplissent une fonction écologique précieuse. Comme d’autres crustacés, les copépodes s’enveloppent d’une carapace extérieure faite d’un polymère appelé chitine (prononcé ki-tine). Plusieurs fois au cours de leur vie, ils perdent leurs vieilles carapaces, comme des serpents qui muent, en en rejetant 100 milliards de tonnes par an. Les vibrions se nourrissent de cette abondance de chitine, en recyclant collectivement 90 % de l’excédent pour leur propre consommation. Sans eux, la montagne d’exosquelettes des copépodes priverait l’océan de carbone et d’azote²⁷.

Les vibrions et les copépodes proliféraient dans les eaux côtières chaudes et saumâtres, là où les eaux fraîches et salées se rencontraient, comme dans les Sundarbans, une vaste zone humide à l’embouchure de la plus grande baie du monde, le golfe du Bengale. C’était une sorte d’enfer de terre et de mer longtemps hostile à la présence humaine. Chaque jour, les marées salées du golfe du Bengale recouvraient les parties basses des forêts de mangroves et les vasières des Sundarbans, poussant l’eau de mer jusqu’à 800 kilomètres à l’intérieur des terres, créant des îles temporaires de haute terre, qui s’élevaient quotidiennement, puis disparaissaient avec les marées. Des cyclones, des serpents venimeux, des crocodiles, des rhinocéros de Java, des buffles sauvages et même des tigres du Bengale hantaient les marais²⁸. Les empereurs moghols qui régnèrent sur le sous-continent indien jusqu’au XVII^e siècle laissèrent prudemment les Sundarbans tranquilles. Les commentateurs du XIX^e siècle la décrivaient comme «une sorte de terre inondée, couverte de jungle, frappée par le paludisme, infestée par des bêtes sauvage...