New strategies to ensure food production

Certification of virus-tested plant material in Colombia

Cutler, Joseph

• Publisher: Cuvillier Verlag
• Year: 2022
• Print ISBN: 9783736976030
• eBook ISBN: 9783736966031
• Edition: 1

This thesis presents the major viruses affecting three cultivars in Colombia and how experimental approaches in serology, molecular biology, and bioinformatics can be adapted to create a protocol that could be applied for physalis, passionfruit, ornamental rose, and eventually other crops.Selection of farms was carried out based on size and economic importance. Initial visual plant symptom appraisal led collection of 370 samples from 20 farms. Literature review guided the selection of antibodies of known viruses for initial ELISA testing. Thereafter NGS was carried out to discover further known and novel viruses in the cultivars. Various experiments were carried out on different samples including biotest inoculation, ELISA, RT-PCR, and NGS. Reliable and practical diagnostic tools like these could be developed for the most important viruses leading to a national agricultural certification program that could be established in a common project between German and Colombian universities, the Colombian Agricultural Institute (ICA), the Colombian Corporation of Agricultural Investigation (AGROSAVIA), and the International Center for Tropical Agriculture (CIAT).In dieser Arbeit werden die wichtigsten Viren vorgestellt, die drei Sorten in Kolumbien betreffen, und wie experimentelle Ansätze in den Bereichen Serologie, Molekularbiologie und Bioinformatik angepasst werden können, um ein Protokoll zu erstellen, das für Physalis, Passionsfrucht, Zierrose und eventuell andere Kulturen angewendet werden kann.Die Auswahl der Betriebe erfolgte nach Größe und wirtschaftlicher Bedeutung. Die erste visuelle Beurteilung der Pflanzensymptome führte zur Entnahme von 370 Proben aus 20 Betrieben. Die Literaturrecherche leitete die Auswahl von Antikörpern bekannter Viren für erste ELISA-Tests. Danach wurde NGS durchgeführt, um weitere bekannte und neuartige Viren in den Sorten zu entdecken. Verschiedene Experimente wurden an verschiedenen Proben durchgeführt, einschließlich Biotest-Inokulation, ELISA, RT-PCR und NGS. Solche zuverlässigen und praktischen Diagnosewerkzeuge könnten für die wichtigsten Viren entwickelt werden, die zu einem nationalen Agrarzertifizierungsprogramm führen, das in einem gemeinsamen Projekt zwischen deutschen und kolumbianischen Universitäten, dem Colombian Agricultural Institute (ICA) und der Colombian Corporation of Agricultural Investigation (AGROSAVIA), und das Internationale Zentrum für tropische Landwirtschaft (CIAT) eingerichtet werden könnte.

Table of contents

• Summary
• Zusammenfassung
• Glossary
• List of Figures
• Introduction
• 2 Materials and Methods
• 3 Results
• 4 Discussion
• Bibliography
• Appendix 1: All samples
• Appendix 2: Table of Baseclear and Geneious Contigs
• Appendix 3: PCR Results
• Appendix 4: Buffer Formulations