Im Sommer des Jahres 1958 richtete der Deutsche Wissenschaftsrat Ausschüsse ein, die die Situation an den Medizinischen Fakultäten erfassten. Vorrangige Probleme waren fehlende Studienplätze, geringer Praxisbezug, Forschungsrückstand sowie interne Spaltungstendenzen. Mit dem Ziel, mehr Studienplätze zu schaffen, eine praxisnahe Ausbildung zu ermöglichen, den Forschungsrückstand aufzuholen und trotz naturwissenschaftlich-technischer Spezialisierung die Einheit der Universitätsmedizin zu bewahren, wurden die starren Strukturen aufgebrochen.
Mit der Lösung der 'Krise der Medizin' wurden vom Wissenschaftsrat initiierte Medizinische Akademien betraut, deren Aufgabe es war, den hierarchischen Aufbau der Fakultäten durch ein Departmentsystem mit starkem Mittelbau nach amerikanischem Vorbild zu ersetzen.
Heiko Stoff stellt die Planungen in den Ausschüssen sowie die Umsetzung der Reformideen an den als Akademien gegründeten Hochschulen in Lübeck (1964), Hannover (1965) und Ulm (1967) vor. Er beschreibt das vorzeitige Ende der Medizinreform in den 1970er Jahren, als Finanzierungsprobleme und der Widerstand der Ordinarien die Strukturkonzepte erodierten und der Mittelbau des Departmentsystems zunehmend als hochschulpolitisches Problem angesehen wurde.