L' Homme façonné par les virus

Frédéric Tangy, Jean-Nicolas Tournier

• Éditeur: Odile Jacob
• Année: 2021
• Imprimer l'ISBN: 9782738154323
• ISBN de l'eBook: 9782738154330
• Sujet: Médecine
• Sujet: Théorie, pratique et référence de la médecine

Les auteurs de ce livre ont vécu de l'intérieur cette crise sanitaire sans précédent. Frédéric Tangy est directeur du laboratoire d'innovation vaccinale à l'Institut Pasteur. Son laboratoire a conçu et mis au point, en seulement quelques mois, un vaccin contre le Covid-19. Jean-Nicolas Tournier, en tant que médecin militaire, s'est occupé du dépistage du virus et de la mise en place des mesures de protection au sein des armées ; il a lui-même expérimenté l'infection. Ce livre procède de leurs regards complémentaires. En un an, un virus jusque-là inconnu a surgi et a envahi toute la planète. D'où vient-il ? Pourquoi s'est-il réveillé ? Comprendre les maladies infectieuses, expliquer comment elles ont, au cours de l'évolution, façonné notre héritage génétique et défini notre identité, rappeler le rôle capital et largement méconnu qu'elles ont joué dans le cours de l'histoire humaine – celle des batailles et des empires –, montrer combien elles révèlent notre fragilité, telle est l'ambition de ce livre. Mais ce livre, d'une extraordinaire richesse, raconte aussi le combat haletant de l'humanité contre l'emprise infectieuse, la quête mondiale d'une immunité, et surtout la remarquable aventure de toute une équipe, celle de l'Institut Pasteur, mobilisée pour concevoir et mettre au point un vaccin français. Frédéric Tangy dirige le Laboratoire d'innovation vaccinale à l'Institut Pasteur Paris. Directeur de recherche au CNRS et professeur à l'Institut Pasteur, il a créé le cours international de vaccinologie de l'Institut Pasteur. Ses travaux scientifiques ont porté notamment sur la mise au point de vaccins contre le chikungunya, le sida, la dengue, Zika, la fièvre de Lassa ou encore le paludisme à partir du vaccin atténué contre la rougeole, et, récemment, la conception d'un vaccin contre le Covid-19. Jean-Nicolas Tournier est chef du département « Microbiologie et maladies infectieuses » à l'Institut de recherche biomédicale des armées (IRBA). Il est professeur à l'école du Val-de-Grâce et scientifique invité dans le Laboratoire d'innovation vaccinale à l'Institut Pasteur Paris. Il est par ailleurs expert à la Commission technique des vaccinations auprès de la Haute Autorité de santé. Son activité scientifique a porté sur le développement des nouvelles thérapeutiques contre les maladies infectieuses, notamment la maladie du charbon. Il a participé plus récemment à la gestion de l'épidémie de Covid-19 dans les armées. 

PARTIE III

Les maladies infectieuses à jamais présentes

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CHAPITRE 1

De nouvelles maladies émergentes

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De nouvelles maladies infectieuses apparaissent régulièrement qu’on appelle « émergentes ». La plupart d’entre elles proviennent de réservoirs animaux que nous connaissons assez mal. Ces infections « débordent », « ruissellent », autrement dit, elles sont transmises des animaux (principalement sauvages) vers l’homme. Le Covid-19 en est la dernière illustration.

Des crises de plus en plus fréquentes

Dans les années 1970-1980, les scientifiques ont cru à la fin des maladies infectieuses : des vaccins avaient été trouvés contre les principales infections virales, la variole était éradiquée, ouvrant la voie à l’élimination de toutes les autres maladies virales. Depuis trente ans, les antibiotiques avaient vaincu le péril bactérien. « Il est temps de clore le livre des maladies infectieuses et de déclarer que la guerre contre ces vieux fléaux est enfin gagnée, afin de rediriger les ressources nationales vers les vrais problèmes chroniques comme le cancer et les maladies cardio-vasculaires », déclarait en 1967 à la Maison Blanche le professeur William H. Stewart, l’homologue américain du directeur général de la Santé. Même si cette phrase lui a été attribuée par erreur, elle en dit long sur l’air du temps.

Une dizaine d’années plus tard, l’ambiance a changé. En 1982, les premiers cas de sida sont découverts : une nouvelle maladie mortelle transmise par voie sexuelle dont on apprend assez vite qu’elle est causée par un virus qui vient des singes. On ne parle pas encore d’émergence à cette époque, pourtant il s’agit bien de cela. Au cours des trois décennies qui vont suivre, ce sont pas moins d’une trentaine de nouveaux virus qui vont ainsi émerger. Du côté des infections bactériennes, des souches résistantes apparaissent, d’abord aux pénicillines puis à toutes les classes d’antibiotiques. En 2015, on a compté en France plus de 125 000 infections par des bactéries multirésistantes, qui ont tué plus de 5 500 personnes.

Au début du XXI^e siècle, des virus inconnus sont apparus, de plus en plus souvent. Des agents infectieux déjà connus, mais devenus incontrôlables, ont gagné de nouveaux territoires. Une crise infectieuse majeure survient tous les cinq ans.

En 2003, le SARS surgit en Chine, dans la province du Guandong : 8 000 cas et 774 décès dans 23 pays. Il s’agit du premier coronavirus émergent moderne. Il est baptisé SARS-coronavirus (SARS-CoV). En 2005, l’infection par le virus du chikungunya surgit sur l’île de la Réunion : 266 000 cas et 256 morts. En 2009, un virus proche de la grippe H1N1 apparaît au Mexique et provoque une pandémie mondiale. L’inquiétude règne à l’OMS et dans les gouvernements des pays riches. La pandémie fait plus de 18 000 victimes. En 2011, une épidémie due à une nouvelle souche toxique de la bactérie Escherichia coli partie d’Allemagne gagne toute l’Europe : 54 morts et 800 cas de syndrome hémolytique et urémique. En 2012, en Arabie saoudite, un cousin du SARS, le MERS-coronavirus, apparaît : 1 728 cas, 624 décès. Entre 2013 et 2015, une terrible épidémie de fièvre hémorragique à virus Ebola provoque 30 000 cas dans trois pays d’Afrique de l’Ouest : Guinée, Liberia et Sierra Leone. Elle fait 11 000 victimes dans l’Afrique de l’Ouest, une des plus larges épidémies de ce virus découvert en 1976 près de la rivière Ebola.

La liste s’allonge encore ! En 2014, le virus Zika est détecté dans les îles de l’océan Pacifique, puis, en 2016, dans toute la zone intertropicale. En 2017, une épidémie de peste à la forme pulmonaire particulièrement redoutée flambe à Madagascar. Entre 2016 et 2018, la fièvre jaune réémerge au Brésil, faisant plus de 500 victimes. En 2019, le virus Ebola réapparaît en République démocratique du Congo, là où on ne l’attendait pas. Il fait plus de 1 500 morts, et la guerre civile lui permet de s’y maintenir à l’état quasi endémique. La rougeole ressurgit à son tour sur des continents où on la croyait sous contrôle, comme l’Europe et l’Amérique du Nord. L’OMS l’a déclarée maladie réémergente.

Enfin, au début de l’année 2020, le Covid-19 est pour la première fois identifié chez l’homme dans la province de Wuhan, en Chine. La crise sanitaire a cette fois des proportions planétaires.

La notion d’« émergence »

Le dictionnaire culturel de la langue française fait remonter au XVIII^e siècle le mot « émergence » dans son sens actuel. Son étymologie vient du verbe latin emergere qui signifie « sortir de l’eau ». Le substantif apparaît pour la première fois dans une traduction d’un ouvrage de physique d’Isaac Newton en 1720. On l’utilisa d’abord en physique pour désigner l’émergence d’un rayon depuis un cristal en 1720. Il apparaît en anatomie en 1846 : on parle de l’émergence d’un nerf. La philosophie s’en empara en 1874 quand l’Anglais G. H. Lewes exposa sa théorie de l’émergence selon laquelle un tout possède plus de possibilités que la somme de ses parties. En 1886, selon les géologues, une île est une terre émergente. En cristallographie, on évoque un cristal émergent. Au XX^e siècle, le mot est pris au sens figuré pour qualifier une apparition soudaine dans une suite d’idées : l’émergence d’un fait historique. Les maladies « nouvelles » dans l’esprit de Charles Nicolle en 1900 signifient « émergentes », bien que l’adjectif ne soit pas encore entré dans le domaine médical. Il le sera à la fin du XX^e siècle pour qualifier les maladies qui sortent de l’inconnu.

La création de la revue scientifique Emerging Infectious Diseases par le Center for Disease Control en 1995 consacre l’existence de ce nouveau champ des maladies infectieuses. Porté par l’usage omniprésent de l’anglais et une réalité de plus en plus prégnante, l’adjectif s’installe dans le paysage médical. Le journal Emerging Infectious Diseases passe de quadrimestriel à sa création à bimestriel en 1999, puis devient mensuel en 2002.

Erik Orsenna, élu académicien au 17^e fauteuil, sur lequel siégea Louis Pasteur, en donne une définition originale dans Géopolitique du moustique : « […] une maladie émergente est une maladie qui commence à concerner les pays riches ». Il a en partie raison. Pour identifier un nouveau virus, il faut un système épidémiologique de surveillance et des moyens d’investigation biologique dont les pays riches disposent. Ces derniers ont donc une avance technique, mais ce fossé se comble graduellement car les pays du Sud, souvent concernés en premier chef, investissent à leur tour ce domaine.

Des infections d’abord inapparentes

L’émergence est particulièrement surveillée par les pays riches, qui disposent de coûteux moyens de surveillance épidémiologique capables de détecter les événements anormaux. Mais ils ne sont pas infaillibles. Prenons l’exemple du sida. Les premiers cas sont détectés en 1981 en Californie, car la veille épidémiologique a repéré une consommation anormale de médicaments antifongiques pour traiter des maladies opportunistes dans la communauté homosexuelle. Cette nouvelle infection ne semble toucher que les jeunes hommes. Le virus en cause est appelé virus de l’immunodéficience humaine (VIH) après qu’il a été découvert trois ans plus tard à l’Institut Pasteur de Paris. L’analyse a posteriori a démontré que l’épidémie était rampante depuis quatre-vingts ans en Afrique et depuis au moins dix ans aux États-Unis.

Le VIH a émergé au début du XX^e siècle quand un chasseur de viande de brousse a été contaminé par un virus de l’immunodéficience simienne (SIV pour simian immunodeficiency virus en anglais) infectant les chimpanzés au Cameroun. Le virus s’est ensuite progressivement adapté à l’homme en se transformant en VIH au cours de sa transmission par voie sexuelle ou sanguine. Il s’est propagé le long du majestueux fleuve Congo, seule voie de communication à l’époque. Il dépasse Kinshasa dans les années 1920 et atteint le delta du fleuve. Il poursuit son chemin par le train jusqu’à Pointe-Noire et traverse l’Atlantique. Sa trace est retrouvée en Haïti dans les années 19601. À New York, les homosexuels commencent à être contaminés dans les années 1970, avant que le virus ne se diffuse dans le reste des États-Unis jusqu’à la très large communauté gay de San Francisco. C’est en Californie que les manifestations cliniques du VIH furent donc identifiées, plus de 80 ans après que le virus eut infecté un premier chasseur de brousse sur un autre continent. La maladie est baptisée syndrome d’immunodéficience acquise (sida). Aux États-Unis, dix ans séparent les premiers cas à New York de l’identification du virus à Paris. Le délai souligne combien il est difficile d’identifier des syndromes nouveaux et inhabituels, même dans le pays le plus développé.

La situation est encore plus caricaturale pour la peste. Elle est née il y a plus de 5 000 ans, mais sa première trace dans l’histoire remonte à la pandémie de Justinien en 540 de notre ère, soit plus de 4 500 ans d’épidémie silencieuse… Le Covid-19 n’a pas échappé à ce décalage – certes moins long ! – puisqu’il a circulé chez l’homme en Chine au moins en 2019, avant de devenir pandémique en 2020. Les maladies ont donc deux stades d’émergence : le premier, quand elles commencent à toucher l’homme, et le second, quand elles sont identifiées.

Un essai de classement

L’infectiologue Anthony Fauci, directeur de l’Institut national des allergies et maladies infectieuses aux États-Unis (NIAID), propose de diviser les maladies émergentes en quatre catégories. La première regroupe les maladies réellement nouvelles, les vraies maladies émergentes comme le Covid-19. La deuxième comprend les maladies qui vont et viennent dans l’histoire avec des fortunes diverses : ce sont les maladies réémergentes, comme l’épidémie à virus Ebola qui a sévi en 2014 en Afrique de l’Ouest.

Au-delà de ces maladies naturelles, les infections émergentes peuvent être liées à une action de l’homme. Les maladies « délibérément émergentes » sont des infections provoquées par l’homme pour nuire, comme la maladie du charbon ou anthrax en 2001 aux États-Unis dans le cadre du bioterrorisme ; ou des maladies utilisées comme armes de guerre, telle la peste utilisée lors du siège de Caffa en 1346.

Enfin, la quatrième catégorie regroupe les maladies « involontairement émergentes » c’est-à-dire créées par erreur, comme le virus vaccinal de la variole qui circule en Amérique du Sud, et des virus recombinants du virus vaccinal de la poliomyélite en Afrique et au Moyen-Orient.

Tableau 1. Classification des maladies émergentes.

		Exemple de maladie
Non liées à l’homme	Maladies émergentes	Maladies reconnues par l’homme pour la première fois : VIH/sida (1981), virus Nipah (1999), SARS (2002), MERS (2012), Covid-19 (2019)
	Maladies réémergentes	Maladies connues mais qui réapparaissent dans d’autres lieux (virus du Nil occidental aux États-Unis en 1999, virus Ebola en 2014 en Afrique de l’Ouest, virus Zika en 2015), ou sous d’autres formes (infection à staphylocoque multirésistant)
Liées à une activité humaine	Maladies délibérément émergentes	Maladies utilisées comme arme bioterroriste ou de guerre (bacille du charbon/anthrax aux États-Unis en 2001)
	Maladies involontairement émergentes	Maladies créées par l’homme et relâchées non intentionnellement dans la nature (virus de la vaccine circulant de manière épizootique, virus dérivé du vaccin de...

Table des matières

• Couverture
• Titre
• Copyright
• Introduction
• Partie I - L'homme façonné par les maladies infectieuses
• Partie II - Le rôle des maladies infectieuses dans l'histoire de la France et du monde
• Partie III - Les maladies infectieuses à jamais présentes
• Partie IV - La découverte d'un vaccin contre le Covid-19 à l'Institut Pasteur
• CONCLUSION - Le monde de demain ?
• Bibliographie
• Remerciements
• Sommaire