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Bioinformatique avec Python et Biopython
À propos de ce livre
La bioinformatique est une discipline essentielle de la biologie. Les domaines dits en omique (génomique, métagénomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique…), compte-tenu de la très grande quantité et complexité des données biologiques à collecter et analyser, nécessitent des outils bioinformatiques.
Python, par sa simplicité d'apprentissage, est un langage particulièrement utilisé pour développer des applications.
Biopython est un ensemble d'outils, librement disponibles, permettant de développer des bibliothèques et des applications Python pour les besoins des travaux en bioinformatique.
Cet ouvrage construit sur le principe « une question de biologie, une réponse en programmation Python – Biopython » permettra à l'étudiant en sciences de la vie d'appréhender différents aspects de la bioinformatique à travers le prisme de ces outils.
L'objectif principal de cet ouvrage est de comprendre la logique de ces scripts et d'établir un lien avec le concept biologique afférent afin que le lecteur puisse développer ses propres scripts ou adapter ceux existants.
Tous les scripts de l'ouvrage sont accessibles librement.
Foire aux questions
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Informations
Table des matières
- Bioinformatique avec Python et Biopython
- Table des matières
- Introduction
- Chapitre 1 Dénombrement des nucléotides et calculs associés (%GC, Tm)
- Chapitre 2 Écriture de séquences d’acides nucléiques
- Chapitre 3 Séquences et expressions régulières
- Chapitre 4 Recherches bibliographiques dans PubMed
- Chapitre 5 Profil d’une famille de protéines
- Chapitre 6 Profil d’hydrophobicité d’une protéine – fenêtre de taille variable
- Chapitre 7 Position de cystéines impliquées dans un pont disulfure
- Chapitre 8 Calcul du barycentre d’une chaîne polypeptidique repliée
- Chapitre 9 Diagrammes de Ramachandran
- Chapitre 10 Contacts entre résidus d’acides aminés dans les structures 3D
- Chapitre 11 Superposition de structures protéiques
- Chapitre 12 Les protéines ou régions intrinsèquement désordonnées
- Chapitre 13 Alignements de séquences et protéines homologues
- Réponses aux questions
- Annexes
- Index